1、微波杀菌是一种物理杀菌方法，它不需要添加化学防腐剂就能够杀灭细菌、霉菌和虫卵，以及病毒等有害人体的微生物，它在杀灭有害微生物过程中，不会对食品残留毒性或放射性物质的污染，安全无害，也不会改变食品的色香味和营养成分。
2、在同样杀菌温度下，所需杀菌时间短，不需要预热；在相同杀菌条件下，菌致死的温度比较低，且杀菌效果极为显著。
3、能同时对被杀菌物料里外整体杀菌，极大地缩短杀菌周期，并保证杀菌一致性。
4、由于物料各部位杀菌的同时性，杀菌时间短，能避免因长时间的加热影响食品品质，特别是对不宜在较高温度或较长加热时间情况下进行杀菌的食品。
5、微波杀菌可分为包装后杀菌和包装前杀菌。包装容器不能用金属质的，需用介质材料，一般用塑料软包装或玻璃，工程塑料质容器为宜。